La tortuga d’estany (Emys orbicularis) és una tortuga de mida petita, de coloració negre amb taques grogues, adaptada a viure en ambients aquàtics. Actualment a Catalunya l'espècie es troba en un estat crític i es considera amenaçada, per la qual està protegida a nivell nacional i europeu. A Banyoles s'han comptabilitzat en els últims 5 anys només dos exemplars adults. Es considera l’espècie de tortuga aquàtica pròpia de l’Estany doncs se n’han localitzat exemplars fòssils al poblat neolític de la Draga.
L’alliberament de nous exemplars de tortuga d’estany, pròpia de la conca del riu Ter i de l’estany de Banyoles, és una acció necessària, abans que aquesta espècie s'extingeixi definitivament de l'àrea, ja que l'actual població residual de l’Estany no té capacitat de recuperar-se, i tampoc existeixen poblacions properes des d'on l'espècie pugui recolonitzar l’estany de Banyoles.
Els individus que s’alliberaran provenen del CRT, Centre de Reproducció de Tortugues de l’Albera que des dels anys 90 està realitzant la cria de tortugues d’estany (Emys orbicularis) a partir d'una desena d'individus originaris del Baix Ter, zona situada en la mateixa conca fluvial que l’Estany de Banyoles. En aquest centre s'aconsegueix una taxa anual de reproducció d'uns 40 exemplars, dels quals un mínim de 25 exemplars anuals s'utilitzaran per a la reintroducció a l’estany de Banyoles al llarg del projecte (total 100 tortugues). Es preveu la reintroducció a l’Estany de 50 exemplars l’any 2011 (inclosos els 25 no alliberats del 2010), 25 l’any 2012 i el 2013. Els primers 50 exemplars del 2011 s’alliberaran a la zona de les llacunes de Can Morgat, on es considera que hi ha un hàbitat idoni per aquesta espècie. Els exemplars de tortuga d’estany, nascuts en captivitat i que s'alliberen son d'una talla d'entre 7 i 10 cm de longitud total, i hi ha 17 mascles i 33 femelles.
Tots els exemplars alliberats porten un xip subcutani identificatiu, i 13 dels exemplars portaran un radioemissor enganxat a la closca que permetrà seguir el moviment dels individus amb una antena receptora i veure quin ús fan de l’hàbitat.
Un dels problemes amb els quals es troben les tortugues autòctones per a poder sobreviure és la competència de les tortugues exòtiques invasores. Des de fa uns anys el constant alliberament de tortugues d’orelles vermelles, conegudes popularment com a tortugues de Florida ha comportat un risc de difícil avaluació per a les petites poblacions persistents de tortugues autòctones. Per revertir aquesta situació i en el context del “Projecte Estany” que desenvolupa el Consorci de l’Estany, s’han previst diverses accions per reduir el nombre d’exemplars de tortugues exòtiques i reforçar les poblacions de tortugues d’estany com son la col•locació de trampes. Durant l’any 2010 es van treure del medi 60 tortugues exòtiques.
Una altra mesura per afavorir les tortugues és la construcció i col•locació de plataformes d’insolació per a tortugues d'aigüa dolça Emys orbicularis i Mauremys leprosa construïdes amb materials integrats com a troncs, planxes de suro, etc. que estiguin subjectes al litoral o en el fons a través d'estaques.
Amb aquestes actuacions es preveu la recuperació futura de l’espècie, un dels objectius principals del projecte Estany.